Protenix-v2: Broadening the Reach of Structure Prediction and Biomolecular Design
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收录理由
该报告为 bioRxiv 公开论文，介绍 Protenix-v2 结构预测与生物分子设计系统，并报告抗体-抗原与 GPCR 等任务的成功率及与先前系统的对照评测。
关键要点
- 结构预测方面，Protenix-v2 抗体-抗原成功率较 Protenix-v1 最高提升 13 个百分点。
- 五种子运行性能超过此前一千种子的结构预测结果。
- 新颖性受控 VHH-Fc 设计中，目标级成功率 100%，命中率最高 48%。
- 困难 GPCR 靶点上 VHH-Fc 命中率 16%–88%，mAb 命中率最高 50%。
- 每 GPCR 靶点测试预算为 16–30 时仍可发现 hit。
- 除抗体外，配体相关合理性改善，并完成跨变体 SARS-CoV-2 spike RBD mini-binder 设计。